(1)秸秆的传统利用价值在下降，新的利用价值还未被充分利用，而秸秆的收集翻晒即占地方，又浪费时间和劳动力。改革开放前，由于经济能力较低或燃料不足，秸秆是我国农村家庭主要过冬燃料和牛羊等牲畜过冬的饲料。随着经济的快速发展，农民的生活水平有了显著提高，作物秸秆作为农村传统能源的地位逐渐被煤炭、天然气等替代；同时加上农户牲畜养殖量的减少，秸秆作为饲料的用量也逐渐下降。
农作物秸秆可以经过秸秆颗粒机、秸秆压块机压制成生物质颗粒饲料燃料，可以完美的解决农作物秸秆的焚烧问题。
(2)机械化收割不规范，秸秆处置费时费力。目前，我国大部分小麦都采用机械化收割，联合收割机多数跨区流动作业，非属某一地区，管理较混乱。由于夏收时间紧，在经济利益的驱使下，大多数联合收割机主为了省时、省力和减少机器磨损，都将麦茬留的很高，一般在50-70cm，有的甚至只割掉麦穗。农民若采用其他处理方法，费时费力，干脆一烧了之。
(3)我国主要粮食产区如成都平原、珠三角地区和淮河流域，人均耕地少，复种指数高，双季作物间隙时间段，遗留在地里的秸秆会严重影响耕作。我国各地气候条件不同，北方降水量少，若将秸秆直接还田翻入地中，不易腐烂，对秸秆不进行处理，会影响耕种；南方麦田或油菜秸秆还田，夏种水稻季节，放水栽秧时秸秆会浮在水中，给插秧带来不便。
(4)部分农民对秸秆焚烧的认识存在误区。许多农民认为，焚烧后的秸秆残渣留在地里作为肥料可以增加土壤中的无机肥含量，节约化肥投入量，而秸秆还田的技术开发和推广仍然比较滞后。
(5)农村劳动力匮乏也是秸秆焚烧的重要原因。在市场经济作用下，农村年轻劳力终年外出打工，留下务农的多是老弱病残农民，缺少劳动力对秸秆进行处理。
